加班工资被用于抵扣请假工资，可能会带来以下法律风险：1.经济损失风险：若用人单位长期用加班工资抵扣请假扣款，劳动者会损失法定的加班报酬。例如：某员工月加班10小时（时薪20元，应得1.5倍加班工资300元），因请假1天被扣工资200元，单位直接用加班工资抵扣后，员工实际损失300元加班报酬。2.证据链断裂风险：若劳动者未保留考勤和工资记录，用人单位可能否认加班事实，导致劳动者在仲裁或诉讼中因证据不足败诉。例如：员工主张加班30小时，但无考勤记录，单位仅认可5小时，员工无法举证其余25小时的加班情况，最终只能获得5小时的加班工资。
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关于您咨询的“加班所得工资能否用于抵扣因请假而减少的工资”问题，答案是不能直接抵扣，两者性质不同。1.若存在用人单位单方面用加班工资抵扣请假扣款的情况：该行为违法，加班工资是劳动者额外劳动的报酬，请假扣款是因未提供劳动的合理扣除，二者法律性质独立，不能相互抵消。2.若存在用人单位与劳动者书面协商一致的情况：需明确协商内容是“用加班时间补休”还是“用加班工资抵扣请假工资”——若为前者，休息日加班可优先安排补休（法定休假日不行）；若为后者，因加班工资是法定报酬，协商抵扣仍可能因违反劳动法强制性规定无效。
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很多劳动者在面对“加班工资抵扣请假工资”问题时，容易出现以下错误操作：1.默认用人单位的抵扣行为：部分劳动者认为“加班和请假都是时间差，抵扣合理”，未及时提出异议，导致超过1年的劳动仲裁时效，丧失胜诉权。2.未保留关键证据：随意丢弃工资条、未截图考勤记录，后期维权时无法证明加班事实和扣款情况，难以支撑主张。3.盲目签署“自愿抵扣协议”：在用人单位诱导下签署未明确条款的协议，事后发现权益受损却因“书面同意”难以推翻。这些错误操作会直接影响您的权益维护，建议您进一步咨询律师，避免踩坑。
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针对“加班工资不能抵扣请假工资”的结论，我们可以从《中华人民共和国劳动法》中找到明确法律依据。《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定，用人单位安排劳动者延长工作时间、休息日工作未补休、法定休假日工作的，需分别支付1.5倍、2倍、3倍工资报酬。该条款明确加班工资是劳动者额外劳动的法定对价，具有强制性。而请假工资扣除是基于劳动者未提供约定劳动的合理减薪，二者属于不同的工资构成逻辑。若用人单位用加班工资抵扣请假扣款，本质是剥夺劳动者的加班报酬权，违反上述法条的强制性规定，因此该行为无效。

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